Ömər Faiqin jurnalda bir sıra kəskin siyasi çıxışları hakim dairələrdə kin, qəzəb oyadırdısa, kütlə arasında, demokratik ziyalılar içərisində ona qarşı geniş rəğbət yaradırdı. 1907-ci ildə o, jurnalda dərc etdiyi karikaturalardan birində Sultan Əbdülhəmidi Avropa dövlətləri qarşısında meymun şəklində təsvir etdiyi üçün həbs olunmuş, lakin geniş xalq kütləsinin tələbi ilə iki aydan sonra azad edilmişdir.
1907-ci ildə jurnalın fəaliyyəti hökumət tərəfindən müvəqqəti dayandırıldığında, Ömər Faiq «İrşad» qəzetində aşağıdakıları yazmışdır: «Bu zavallılar «Molla Nəsrəddin» jurnalının fəaliyyətinə son qoymaqla, öz rüsvayçılıqlarını ört-basdır edəcəklərinə inanırlar. Onlar sadəcə aramızda molla-nəsrəddinçilərin artıq çox olduğundan xəbərsizdirlər. Bu gün «Molla Nəsrəddin» bağlansa da, sabah «Molla Xeyrəddin» açılacaq».
Ə. Sabir Ömər Faiqin hökümət tərəfindən təqib olunmasına işarə edərək 1907-ci ildə “Molla Nəsrəddin” jurnalında dərc etdirdiyi “Töhmət” adlı şerində çox mənalı və yumoristik şəkildə yazırdı:
Ümumiyyətlə, mollanəsrəddinşünaslar nəzərə almalıdırlar ki, jurnalın ilk nömrələrində cəmi iki gizli imza olmuşdur: “Molla Nəsrəddin” və “Lağlağı”. Onun birincisi C. Məmmədquluzadəyə, ikincisi Ömər Faiqə məxsusdur. Sonralar məslək dostlarının hər ikisi (ən çox Ömər Faiq) bu imzalardan istifadə etmişdir. O, xatirələrində yazır ki, “Derdimənd” imzaları ilə “Zövci-axər” və “Hicab məsələsi” başlıqları ilə məqalələr yazıb qadın azadlığını iddia və tələb etdiyimdən ötrü Tiflisin axundları 1907-ci ildə ağzına qədər dolu Şah Abbas məscidində şəri-məhkəmə çağırıb məni mühakimə etmək istədilər”.
Qurbanov davam edir: «Həmin məqalələrin imzalarına gələndə isə, görünür, hafizəsi müəllifi aldatmışdır. Çünki jurnalı vərəqləyəndə aydın olur ki, məqalələrdən ancaq birincisi – “Xortdana məktub” göstərilən imza ilə, qalanları – “Hicab məsələsi və cavabımız”, “Bir neçə günlüyə” və s. “Molla Nəsrəddin” imzası ilə çap olunmuşdur. Deməli, Ömər Faiqin müxtəlif imzaları içərisində “Molla Nəsrəddin” də olmaya bilməzdi. Jurnal ilk 6 ildə onun geniş fəaliyyət meydanına çevrilmişdi; qələmi kəskinləşmiş, həvəsi artmış, bütün və hər cür geriliyə, mənfi adət və ənənələrə atəş açmağa başlamışdı. “Molla Nəsrəddin”ə qədər onun “Tərcüman”, “Şərqi-Rus” və digər mətbuat orqanlarında on illik zəngin publisist təcrübəsi vardır.
Doğrudur, o zaman çap üçün o, başqalarından asılı idi, buna görə də çox sıxıntılar, məhdudiyyətlər görmüşdü. Azad, sərbəst, özünə aid mətbuat orqanın olmasını ehtirasla arzu edirdi. Bununla belə, Ömər Faiq sözügedən qəzetdəki əməkdaşlığını xatırlayarkən, bunları yazırdı: «Məqalələrimiz rəsmi senzuradan əlavə, redaktorun da senzurasından keçirdi. Redaktor bizə hökumətin azərbaycanlılara qarşı kəskin və əzici münasibətindən və onları təhsil almaq hüququndan məhrum etməklə, cahillik içində yaşamağa sürüklədiklərindən bir kəlmə belə yazmağımıza icazə vermirdi».
Ömər Faiq oxuculara bu cür müraciət edir:
Azad, sərbəst, özünə aid mətbuat orqanlarını necə ehtirasla arzuladığını, “Molla Nəsrəddin”in ilk addımlarından nə qədər sevindiyini, onun üzərində necə əsdiyini xatirələrindən və başqa məqalələrindən hiss etmək çətin deyildir.
“Hələ arzularımın mindən birini yazmamışdım” deyən Ömər Faiq böyük həvəslə işə girişmiş və onun da arzularının çoxu “Molla Nəsrəddin” səhifələrində müxtəlif formalarda, karikatura və felyetonlarda öz əksini tapa bilmişdir. Əgər biz deyəndə ki, jurnalı əvvəllər ancaq iki nəfər hazırlayıb çap edirdi, onu da etiraf etməliyik ki, həmin iki nəfərdən biri olan və dövrün ən güclü publisisti hesab olunan Ömər Faiq də yəgin ki, orada bir yaradıcılıq işi görürdü.
Çox təəssüf ki, məlum səbəblər üzündən indiyə qədər Ömər Faiqin başqa fəaliyyət sahələri kimi, “Molla Nəsrəddin”dəki işi də açılmamışdır. Onun jurnalda çap olunan felyetonlarının və “xidmətlərinin bir qismi dostu C. Məmmədquluzadənin adına yazılırdı”.
Mövcudluğunun son mərhələsində, 1921-ci ildən sonra, jurnal sovet təbliğatının alətinə çevrildi, və o vaxt üçün Ömər Faiq bu yeni dəyişilmiş jurnalda artıq işləmirdi, çünki o, “satiranın” sovet variantında iştirakdan qəti surətdə imtina edirdi. Ömər Faiqin qızı Kamilə Neymanzadənin xatirələrinə əsasən, Ömər Faiq Cəlil Məmmədquluzadənin həyatının son günlərinə qədər onun yaxın dostu olaraq qalırdı. Məmmədquluzadə dərindən düşünmədən qərar verərək yeni olaraq gördüyü bir sovet satirik jurnalını buraxmağa başladı, lakin qısa müddətdə öz uzağıgörməzliyini və tələsikliyini anladı. Əvvəlcə Məmmədquluzadə sadəcə jurnalın məzmununa etiraz etməyə başladı, daha sonra isə o, yeni satiranın mənasına qarşı prinsipial etirazlarını ifadə etdikdə və onu qəbul etmədikdə, onu kənara çəkərək bir daha narahat etməyəcəklərini izah etdilər. Bundan sonra o, heç nə imzalamırdı. Lakin jurnal onun redaktor imzası ilə buraxılmağa davam edirdi.
Böyük avtoritetin imzası hakimiyyətə lazım idi. Lakin bu, möhürə köçürülmüş bir imza idi, hansı ki, Cəlil Məmmədquluzadənin ölümünədək jurnalın bütün buraxılışlarına vurulurdu. Onların yaşadığı, lakin xəyal etmədikləri yeni cəmiyyətin reallıqları belə idi.
Ömər Faiq öz vətənində tamamilə başqa dəyərlərin, başqa tərəqqinin, başqa mədəniyyətin, yeni sovet insanının bərqərar olmasının şahidi oldu. Əsrin əvvəlinin sosial ideyaları onun vətənində mütləq hakimiyyətin tanınmaz rejiminin, sovet təhkimçilik hüququnun bərqərar olması ilə nəticələndi.
1932-ci ildə Bakıda o, öz dostu Cəlil Məmmədquluzadəni dəfn etdi, və yetkin illərini Gürcüstanda, Aqara kəndində səssizcə keçirdi. 1927-ci ildə təqaüdə çıxdıqdan sonra Ömər Faiq XX-ci əsr Azərbaycan mədəniyyəti və Qafqaz mətbuatının tarixi üçün olduqca əhəmiyyətli olan “Memuarlar” üzərində işləyirdi. Lakin müəllif öz işini başa çatdıra bilmədi. 16 iyul 1937-ci ildə Ömər Faiq Gürcüstanda, Axaltsıxda rayon prokuroru Odabaşyanın sərəncamı ilə Türkiyənin xeyrinə casusluqda ittiham üzrə həbs edildi. 3 aydan sonra, 10 oktyabrda o, Gürcüstan SSR-ın Daxili İşlər Komissarlığı yanında “Üçlüyün” qərarı ilə güllələndi. Yeddi il sonra, 1944-cü ilin payızında o vaxt üçün sağ qalmış minlərlə həmvətənlilərinin total deportasiyası keçirildi. Ömər Faiqin və onun xalqının həyatının faciəvi akkordu — onun türk xalqlarının mümkün təşəkkül və inkişaf yollarına ideoloji və siyasi baxışlarının doğruluğunun təsdiqidir.